2012 Summer School for

High Performance Computing

□ 일시 : 2012년 7월 2일(월) ~ 6일(금) (4박 5일)

□ 장소 : 울산과학기술대학교(UNIST) 테크노경영관

□ 대상 : 슈퍼컴퓨터를 이용한 병렬프로그래밍에 관심 있는 누구나 가능

□ 인원 : 160명 내외 (선착순 마감)

□ 등록 무료

가. 등록비 : 무료

나. 등록 방법 : 온라인 등록-PLSI 홈페이지(www.plsi.or.kr)

교육&행사 탭을 통한 등록

다. 등록 기간 : 6월 18일(월) ~ 22일(금)

□ 숙박 : 학생 기숙사/학생 식당 (UNIST 슈퍼컴퓨팅센터 제공)

□ 교육용 시스템 : PLSI 연동자원, 교육 계정 발급

□ 내용

1. 병렬컴퓨팅 일반 교육 (OpenMP, MPI)

2. 응용 교육

- VASP, Gaussian & LAMMPS for Materials Simulation

- Moldflow

- WRF-ARF 수치 모형의 이해와 실습

- CHARMM for Biomolecular Simulation

□ 기타 사항

1. 참석자는 개인 노트북을 반드시 지참해 주시기 바랍니다.

2. 세면도구는 개인별 지참 바랍니다.

3. 기숙사 내에서는 Wi-Fi가 제공되지 않으니, LAN 케이블을 지참해 주시기 바랍니다.

4. 식비는 개인 부담입니다.

□ 문의 : UNIST 슈퍼컴퓨팅센터 전인하 연구원 (ihjeon@unist.ac.kr, 052-217-4202)

2012 병렬프로그래밍 여름학교 교육 프로그램

7월 2일(월요일)~ 4일(수요일) : 일반 교육

일반 교육
7월 2일 (월)		7월 3일 (화)		7월 4일 (수)
시간	발표 제목 및 내용	시간	발표 제목 및 내용	시간	발표 제목 및 내용
		09:00~11:20	OpenMP를 이용한 병렬화 - Parallel Loop - Synchronization - Reduction	09:00~12:00	Vectorization - SOA(Structure of Array) vs AOS(Array of Structure) OpenMP - Triangular Matrix Multiplication
		11:20~12:00	Vectorization - Auto Vectorization
		12:00~13:00 (60`)	점심 식사	12:00~13:00 (60`)	점심 식사
13:00~15:30	병렬처리 개론	13:00~15:30	MPI를 이용한 병렬화 방법 I - MPI 프로그램 구조 - MPI 통신 방법 - MPI 주요 루틴 소개	13:00~18:00	MPI 병렬화 - Heat Transfer - 병렬 성능 측정 Hybrid (Vector + OpenMP + MPI) (Optional) - N-Body or Monte Carlo (Real world example)
15:30~17:30	PLSI 시스템 소개 - 접속 방법 - 시스템 자원 및 환경 - 컴파일러 & MPI 라이브러리 설정	15:30~18:00	MPI를 이용한 병렬화 방법 III - 집합 통신 - 점대점 통신

GIST		부산대		부경대		KOBIC
Tutorial: Quantum Mechanincs and Molecular dynamics simulations for Materials Science		Tutorial: Moldflow		Tutorial: WRF-ARW 수치 모형의 이해와 실습		Tutorial: CHARMM for Biomolecular Simulation
시간	발표 제목 및 내용	시간	발표 제목 및 내용	시간	발표 제목 및 내용	시간	발표 제목 및 내용
9:00~9:30 (30`)	등록 및 교재 배포	9:00~9:30 (30`)	등록 및 교재 배포	9:00~09:30(30‘)	등록 및 교재 배포	9:00~9:30 (30`)	등록 및 교재 배포
9:30~10:40 (70`)	1. Introduction - VASP (Vienna Ab initio Simulation Package)	9:30~10:00 (30`)	과정소개 및 사출성형CAE소개	9:30~10:40 (100`)	1. WRF-ARW overview - WRF-ARW의 실행 순서 및 기본 구성 요소 2. WPS–General Function - WRF Preprocessing System (WPS)의 역할	9:30~10:30 (60`)	1. Introduction - Molecular modeling and CHARMM
10:40~11:00 (20`)	coffee break	10:00~11:00 (60`)	사출성형해석 개론 - 플라스틱 수지 특성	10:40~11:00 (20`)	coffee break	10:30~11:00 (30`)	coffee break
11:00~12:00 (60`)	2. Materials Simulations using VASP - Ⅰ - Introduction - Setting up the environment - Input Files	11:00~12:00 (60`)	사출성형해석 개론 - 플라스틱 수지 특성	11:00~12:00 (60`)	WRF dynamics / Physics, Real and Nesting	11:00~12:00 (60`)	2. Materials Simulations using CHARMM (이론) - Setting up the environment - CHARMM command
12:00~13:30 (90`)	점심 식사	12:00~13:30 (90`)	점심 식사	12:00~13:30 (90`)	점심 식사	12:00~13:30 (90`)	점심 식사
13:30~14:30 (60`)	3. Materials Simulations using VASP - Ⅱ - Running Calculations with PLSI system - Visualization	13:30~14:20 (50`)	사출성형해석 개론 - 플라스틱 수지 특성	13:30~15:20 (110`)	Installing and Running	13:30~14:30 (60`)	3. CHARMM (실습 I) - Installation - 기초적인 CHARMM 명령어 실습 (FIle IO, Coordinate Manupulation) - 조건문
14:30~14:40 (10`)	coffee break	14:20~15:10 (50`)	사출성형 해석개론 - 금형, 사출성형기			14:30~14:40 (10`)	coffee break
14:40~15:40 (60`)	4. Materials Simulations using Gaussian - Ⅰ - Introduction - Setting up the environment - Input Files	15:10~16:00 (50`)	유동해석 개론 - 사출성형공정	15:20~15:40 (20`)	coffee break	14:40~15:40 (60`)	4. CHARMM (실습 II) - Topology, Parameter 파일 다루기 -Conformational analysis (Butane)
15:40~15:50 (10`)	coffee break	16:00~16:50 (50`)	유동해석 이론 - 사출압력	15:40~17:30 (110`)	Practice	15:40~15:50 (10`)	coffee break
15:50~16:50 (60`)	5. Materials Simulations using Gaussian - Ⅱ - Running Calculations with PLSI system - Visualization	16:50~17:40 (50`)	유동해석 이론 - 충진 및 보압 공정			16:50~17:40 (50`)	5. CHARMM (실습 III) - Molecular dynamics simulation - Trajectory 분석 (RMSD, Distance)
16:50~17:00 (10`)	마무리	17:40~17:50 (10`)	마무리	17:30~17:40 (10`)	마무리	17:40~18:00 (20`)	마무리

7월 5일(목요일) 응용 교육

7월 6일(금요일) 응용 교육

GIST		부산대		부경대		KOBIC
Tutorial: Quantum Mechanincs and Molecular dynamics simulations for Materials Science		Tutorial: Moldflow		Tutorial: WRF-ARW 수치 모형의 이해와 실습
시간	발표 제목 및 내용	시간	발표 제목 및 내용	시간	발표 제목 및 내용	시간	발표 제목 및 내용
09:00~09:30(30')	등록 및 교재 배포	9:30~10:00 (30`)	유동해석 실습 - Runner System Design	9:00~10:20 (80`)	Advanced Usage of WRF (Registry) / FDDA (Nudging)
09:30~10:10(40‘)	1. Introduction – Molecular Dynamics Simulation
10:10~11:00(50‘)	2. Molecular Dynamics Simulations using LAMMPS - Setting up the environment - Input Files	10:00~11:00 (60`)	유동해석 실습 - Material, Flow Settings	10:20~10:40 (20`)	coffee break
11:00~11:10(10‘)	coffee break
11:10~12:00(50‘)	3. Molecular Dynamics Simulations using LAMMPS - Running calculations with PLSI system - Visuallization	11:00~12:00 (60`)	유동해석 결과 분석	10:40~12:00 (80`)	WRF utility
12:00~13:30 (90`)	점심 식사	12:00~13:30 (90`)	점심 식사	12:00~13:30 (90`)	점심 식사
		13:30~14:20 (50`)	냉각해석 이론 - Cooling System Design	13:30~14:20 (50`)	Python, GRASS, postgis, R in general
				14:20~14:30 (10`)	coffee break
		14:20~15:10 (50`)	냉각해석 결과 분석 - Cooling System Design	14:30~15:20 (50`)	Install R, postgis, MPAS output structure
				15:20~15:30 (10`)	coffee break
		15:10~16:00 (50`)	변형해석 이론	15:30~16:20 (50`)	MPAS output → [R] → postgis → grass
		16:00~16:50 (50`)	변형해석 결과분석	16:20~16:30 (10`)	coffee break
		16:50~17:40 (50`)	마무리	16:30~17:30 (60`)	Practice and Summary